發酵系統不像糖化系統有那么多的操作點。但對發酵系統的選擇也是至關重要的，主要按照以下三點進行選擇：
1、衛生標準
①罐體內部要做酸洗鈍化，酸洗鈍化的目的是去除不銹鋼表面的油污、銹、氧化皮、焊斑等污垢,讓管壁更平滑，同時也大大提高不銹鋼抗腐蝕性能。處理后表面變成均勻銀白色。
②罐內焊縫做到平整、光滑，如果存在凹坑將很難清洗干凈。發酵罐衛生狀況好壞對啤酒的質量影響很大，清潔無菌是發酵罐最基本的要求。
2、降溫速度
選擇米勒板式的冰水夾套，米勒板式夾套具有降溫面積大，降溫均勻、降溫速度快、承壓能力好等優點。
3、功能

①酒花干投口：用來干投啤酒花。現在有很多種啤酒需要在發酵期間投入酒花來突出啤酒花的香味，比如現在非常流行的IPA。
②二氧化碳充氣口：讓二氧化碳更好溶于酒體
③取樣口：從此處可以取樣檢測或品嘗
④旋轉出酒口：可以變換取酒的位置⑤制冷系統釀造設備所需要的制冷系統是根據設備的規格進行匹配的。所以在選擇設備是直接有設備供應商進行專業的配備。
二、制冷系統
釀造設備所需要的制冷系統是根據設備的規格進行匹配的。所以在選擇設備是直接有設備供應商進行專業的配備。
三、CIP清洗系統

通常中小型的設備會配備100L或200L移動CIP清洗車。它包含一臺可加熱的火堿罐和一臺消毒罐。因重量輕、體積小所以會很方便的把他推到想要清洗的罐體旁邊進行清洗。但同時因為容量小所以無法滿足較大和罐體較多的釀造設備。所以一個2000L以上的精釀啤酒廠應該配備一個CIP站。糖化系統與發酵系統共用一套CIP。

CIP站由堿罐、酸罐、消毒水罐、熱水罐組成。它應做到以下幾點功能：
①　用于精釀清洗的CIP泵2臺、變頻供液。
②　CIP系統管路和自控進行改造，達到自動控制。管板手動跨接單元轉換除外。
③　CIP罐的自我閉路清洗。
④　發酵、清酒罐及配套管路系統的閉路清洗。
⑤　麥汁管道的閉路清洗。
⑥　糖化鍋、煮沸鍋等容器的底部物料管道，可隨同鍋體CIP時一并進行CIP。
⑦　過濾槽可單獨堿洗。

四、控制系統
控制系統包含糖化系統和發酵系統。對于一個啤酒廠的控制系統通常是分開運行。四器糖化系統建議選擇PLC全自動控制系統。

PLC全自動控制系統可以做到閥門和電機的點動啟動及自動啟動，同時做到自動階段升溫、自動階段降溫、配方儲存、配方導入、遠程控制等功能。并且PLC的畫面是根據工藝流程編寫，能很直觀的顯示出管道的走向、電機的位置，大大提高了釀造操作的準確性及時效性。
五、清洗、灌裝設備

精釀啤酒廠的灌裝設備包括灌瓶機、灌桶機、洗桶機、吹瓶機、貼標機等等。根據銷量和銷售模式選擇相應的設備，也可以讓專業的釀造設備制造商進行。同時建議在選擇灌裝設備產量時，產量應高于計劃產量15%-20%。

六、蒸汽、空壓等其他輔助系統
蒸汽鍋爐的選型在前面有介紹，根據場地條件和糖化系統的規格選擇合適的蒸汽鍋爐。另外清洗設備和灌裝設備一般也會用到蒸汽。所以在選型上也要考慮到這方面的消耗量。